En su inicio en el año 1565 se posicionaron fuera de la ciudad de Cuenca pero en el año 1648 se instalan en el interior de la ciudad antigua cuando los marqueses de Cañete les ofrecieron un edificio cercano a la Plaza Mayor.
Fué casi destruido durante la guerra de Independencia y la desamortización de 1835 obligó a los frailes a abandonarlo. Pasó a manos del Ayuntamiento con la intención de instalar un museo. Actualmente está ocupado por las religiosas Esclavas del Santísimo Sacramento. Su iglesia forma parte del seminario de San Julián.
Su fachada adorna la plaza de la Merced y constituye un atractivo turístico de la ciudad.