Fundado por María Dávila viuda de Hernán Núñez Arnalte, tesorero de los Reyes Católicos.
Continuó la edificación del monasterio Fray Tomás de Torquemada, el temido inquisidor, dedicándolo a Santo Tomás y para residencia de la orden Dominica. Se financió con donativos de los Reyes y bienes confiscados a los judíos y herejes. Fue una antigua universidad y residencia de verano de los Reyes Católicos. Comenzó su construcción en 1482.
Dos plantas y tres claustros: Claustro del Noviciado, Claustro del Silencio y Claustro de los Reyes. Entre estos dos últimos claustros se encuentra la Sala de Profundis o llamada también Sala del Tribunal de la Inquisición.
Actualmente es el museo de arte oriental.
El retablo es de Berruguete.